意見提出，根據納污坑塘的環境污染狀況、土地規劃用途、所在區域的地表水、地下水環境功能區劃等實際情況，評估確定合理的地表水、地下水、底泥及周邊土壤污染控制和治理修復目標。原則上應首先控制污染物擴散。坑塘污水異地處理后外排水質應達到相應處理設施的污水排放要求；原地處理后外排或回灌水體污染物濃度水平應達到周邊自然水體的背景值。
意見強調科學編制整治方案，實行限期治理，按照“一坑一案、限期治理”要求，在實地調查和環境監測基礎上，確定污染物質、污染范圍和污染程度，逐一編制整治方案。對存在較大環境風險，可能對人體健康或周邊生態環境產生嚴重危害的納污坑塘，應立即采取切斷污染源、管控環境風險的措施。
針對工業類納污坑塘，按照廢酸、廢油、重金屬、難降解有機物等污染物種類和潛在環境風險情況，選擇科學可行的治理方法，實行水、土同步治理，不應僅采取簡單的加藥處理和覆土回填等方式進行治理。
針對農村生活類納污坑塘，可與美麗鄉村建設、農村環境綜合整治、農村生活垃圾治理、農村污水治理工作結合，通過完善農村環保基礎設施建設、加強生活垃圾收集處理等方式根治農村生活類納污坑塘污染問題，改善農村環境質量。
針對養殖類納污坑塘，可與畜禽養殖污染防治工作結合，通過禁養區劃定整治、資源利用等方式，改善畜禽廢水無序排放現狀，消除養殖類納污坑塘污染，推進畜禽養殖業污染防治工作。
意見明確，省級環境保護主管部門結合本地實際情況確定完成整治納污坑塘的驗收程序，可由納污坑塘所在地縣級人民政府組織或委托第三方專業機構驗收，也可由設區的市級環境保護主管部門組織驗收。通過驗收后，應將整治方案、監測報告、施工報告、驗收意見、環保部門監督檢查記錄等相關材料歸檔。省級環境保護主管部門對完成驗收的納污坑塘抽查核實，并予以銷號。
按照屬地管轄原則，督促有關地方人民政府結合實際情況對整治后的納污坑塘實施生態修復。通過航拍、遙感、現場踏勘等手段，對整治情況進行評估。對完成整治的納污坑塘加大日常巡查檢查力度，杜絕污染問題反彈。
意見要求，各省級環境保護主管部門每半年在其政府官網上向社會公開納污坑塘臺賬信息、整治方案、整治進展、銷號情況等相關信息，接受公眾監督。
